A Főigazgatóság ellátja az Európai Unió meghatározott pénzügyi alapjai, valamint az egyéb európai nemzetközi támogatások Kormány által meghatározott ellenőrzési feladatait az államháztartásról szóló 2011. évi CXCV. törvény felhatalmazása alapján.

A 2007–2013 közötti programozási időszak tekintetében az EUTAF az Európai Regionális Fejlesztési Alapra, az Európai Szociális Alapra és a Kohéziós Alapra vonatkozó – külön kormányrendeletben részletezett – ellenőrzési hatósági feladatokat látta el.

A Főigazgatóság a 2014–2020 közötti programozási időszak tekintetében a következő alapokkal és programokkal kapcsolatos ellenőrzési (audit) hatósági feladatokat látja el:

a) az Európai Regionális Fejlesztési Alap, az Európai Szociális Alap, a Kohéziós Alap, a Leginkább Rászoruló Személyeket Támogató Európai Segítségnyújtási Alap, valamint az Európai Tengerügyi és Halászati Alap,

b) a Menekültügyi, Migrációs és Integrációs Alap,

c) a Belső Biztonsági Alap,

d) a transznacionális Duna Program,

e) az Interreg V-A Szlovákia-Magyarország Együttműködési Program,

f) az Interreg V-A Magyarország–Horvátország Együttműködési Program,

g) az Interreg-IPA Magyarország-Szerbia Határon Átnyúló Együttműködés Program,

h) a Magyarország–Szlovákia–Románia–Ukrajna ENPI Határon Átnyúló Együttműködési Program

Ezeken túl a Főigazgatóság ellátja az Európai Hálózatfinanszírozási Eszközből származó források felhasználásáról szóló ellenőrzési hatósági feladatokat.

A Főigazgatóság – külön jogszabály szerint – ellátja az egyéb, alább felsorolt nemzetközi támogatások Kormány által meghatározott ellenőrzési feladatait, valamint az azokhoz kapcsolódó tervezési, beszámolási, illetve zárónyilatkozat-kiadási feladatokat:

a) a Norvég Finanszírozási Mechanizmus, illetve az EGT Finanszírozási Mechanizmus;

b) a Svájci–Magyar Együttműködési Program

vonatkozásában.