A Főigazgatóság ellátja az Európai Unió meghatározott pénzügyi alapjai, valamint az egyéb európai nemzetközi támogatások Kormány által meghatározott ellenőrzési feladatait az államháztartásról szóló 2011. évi CXCV. törvény felhatalmazása alapján.
A 2007–2013 közötti programozási időszak tekintetében az EUTAF az Európai Regionális Fejlesztési Alapra, az Európai Szociális Alapra és a Kohéziós Alapra vonatkozó – külön kormányrendeletben részletezett – ellenőrzési hatósági feladatokat látta el.
A Főigazgatóság a 2014–2020 közötti programozási időszak tekintetében a következő alapokkal és programokkal kapcsolatos ellenőrzési (audit) hatósági feladatokat látja el:
a) az Európai Regionális Fejlesztési Alap, az Európai Szociális Alap, a Kohéziós Alap, a Leginkább Rászoruló Személyeket Támogató Európai Segítségnyújtási Alap, valamint az Európai Tengerügyi és Halászati Alap,
b) a Menekültügyi, Migrációs és Integrációs Alap,
c) a Belső Biztonsági Alap,
d) a transznacionális Duna Program,
e) az Interreg V-A Szlovákia-Magyarország Együttműködési Program,
f) az Interreg V-A Magyarország–Horvátország Együttműködési Program,
g) az Interreg-IPA Magyarország-Szerbia Határon Átnyúló Együttműködés Program,
h) a Magyarország–Szlovákia–Románia–Ukrajna ENPI Határon Átnyúló Együttműködési Program
Ezeken túl a Főigazgatóság ellátja az Európai Hálózatfinanszírozási Eszközből származó források felhasználásáról szóló ellenőrzési hatósági feladatokat.
A Főigazgatóság – külön jogszabály szerint – ellátja az egyéb, alább felsorolt nemzetközi támogatások Kormány által meghatározott ellenőrzési feladatait, valamint az azokhoz kapcsolódó tervezési, beszámolási, illetve zárónyilatkozat-kiadási feladatokat:
a) a Norvég Finanszírozási Mechanizmus, illetve az EGT Finanszírozási Mechanizmus;
b) a Svájci–Magyar Együttműködési Program
vonatkozásában.
