A Főigazgatóság ellátja az Európai Unió meghatározott pénzügyi alapjai, valamint az egyéb európai nemzetközi támogatások Kormány által meghatározott ellenőrzési feladatait az államháztartásról szóló 2011. évi CXCV. törvény felhatalmazása alapján.

A 2007–2013 közötti programozási időszak tekintetében az EUTAF az Európai Regionális Fejlesztési Alapra, az Európai Szociális Alapra és a Kohéziós Alapra vonatkozó – külön kormányrendeletben részletezett – ellenőrzési hatósági feladatokat látta el.

A Főigazgatóság a 2014–2020 közötti programozási időszak tekintetében a következő alapokkal és programokkal kapcsolatos ellenőrzési (audit) hatósági feladatokat látja el:

a) az Európai Regionális Fejlesztési Alap, az Európai Szociális Alap, a Kohéziós Alap, a Leginkább Rászoruló Személyeket Támogató Európai Segítségnyújtási Alap, valamint az Európai Tengerügyi és Halászati Alap,

b) a Menekültügyi, Migrációs és Integrációs Alap,

c) a Belső Biztonsági Alap,

d) a transznacionális Duna Program,

e) az Interreg V-A Szlovákia-Magyarország Együttműködési Program,

f) az Interreg V-A Magyarország–Horvátország Együttműködési Program,

g) az Interreg-IPA Magyarország-Szerbia Határon Átnyúló Együttműködés Program,

h) a Magyarország–Szlovákia–Románia–Ukrajna ENPI Határon Átnyúló Együttműködési Program

Ezeken túl a Főigazgatóság ellátja az Európai Hálózatfinanszírozási Eszközből származó források felhasználásáról szóló ellenőrzési hatósági feladatokat.

A Főigazgatóság – külön jogszabály szerint – ellátja az egyéb, alább felsorolt nemzetközi támogatások Kormány által meghatározott ellenőrzési feladatait, valamint az azokhoz kapcsolódó tervezési, beszámolási, illetve zárónyilatkozat-kiadási feladatokat:

a) a Norvég Finanszírozási Mechanizmus, illetve az EGT Finanszírozási Mechanizmus;

b) a Svájci–Magyar Együttműködési Program

vonatkozásában.

A Főigazgatóság nemzetközi szerződés vagy megállapodás alapján a nemzetközi és európai uniós támogatások tekintetében, közös ellenőrzéseket végezhet a szerződésben vagy megállapodásban meghatározott szervezettel.

A Főigazgatóság a 2021-2027 közötti programozási időszak tekintetében:

a) az Európai Regionális Fejlesztési Alappal,

b) az Európai Szociális Alap Plusszal,

c) a Kohéziós Alappal,

d) az Európai Tengerügyi, Halászati és Akvakultúra Alappal,

e) a Méltányos Átállást Támogató Alappal,

f) a Menekültügyi és Migrációs Alappal,

g) a Belső Biztonsági Alappal,

h) a Határigazgatási és Vízumeszközzel

kapcsolatos ellenőrzési (audit) hatósági feladatokat látja el.

A Főigazgatóság ellátja az audit hatósági feladatokat a Helyreállítási és Ellenállóképességi Eszközzel Kapcsolatban.