A Főigazgatóság az Európai Bizottság által, illetve nem európai uniós támogatások esetén a donor államokkal kötött megállapodásban meghatározott ellenőrzési feladatokat lát el a következő támogatások tekintetében:

  • a 2004–2006 közötti programozási időszak tekintetében a strukturális alapokkal, a Kohéziós Alappal és az EQUAL Közösségi Kezdeményezés programmal kapcsolatos támogatások;
  • a 2007-2013 közötti programozási időszak tekintetében az Európai Regionális Fejlesztési Alapból, az Európai Szociális Alapból és a Kohéziós Alapból származó támogatások;
  • „Szolidaritás és a migrációs áramlások igazgatása” általános program;
  • Phare és Átmeneti Támogatás;
  • INTERREG III Közösségi Kezdeményezés programok;
  • európai területi együttműködési programok;
  • Norvég Finanszírozási Mechanizmus, illetve az EGT Finanszírozási Mechanizmus;
  • Svájci-Magyar Együttműködési Program;
  • Európai Unió Szolidaritási Alap.

A Főigazgatóság feladatai közé tartoznak: ellenőrzési stratégiák és éves tervek megalkotása és rendszeres felülvizsgálata, rendszerellenőrzések és projektellenőrzések végrehajtása, éves ellenőrzési jelentések és éves vélemények összeállítása, éves összegzések elkészítése, záróbeszámolók készítése, valamint zárónyilatkozatok kiadása.